Lors de la bataille d'Aboukir, le capitaine du Tonnant montre un courage inouï.

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Enfin, il arme un navire, s'élance sur l'océan, mais son bon coeur lui fait porter secours à des Portugais, avant d'apporter des vivres aux habitants d'une des îles du Cap-Vert. Il en est bien mal récompensé puisque son équipage est décimé par une épidémie. Par la suite, il est fait prisonnier au Brésil, et jeté en prison à Lisbonne en 1793. Libéré, il ne peut plus revenir en France, car la Révolution fait la chasse aux aristos. Alors, Dupetit-Thouars passe les trois années suivantes à rechercher le passage du Nord-Ouest censé contourner l'Amérique par le nord. Il finit par y renoncer, avant de retourner en France, prête à l'accueillir pour le réintégrer dans la marine qui a fort à faire. En 1796, le voilà promu chef de division. Il prend le commandement du Tonnant en mai 1798, juste avant d'appareiller pour l'Égypte avec l'escadre de Bonaparte.

C'est ainsi que Dupetit-Thouars se retrouve au mouillage dans la rade d'Aboukir avec le reste de la flotte. Si Nelson les surprend dans cette position, ça pourrait être très dangereux, mais quand il insiste pour lever l'ancre afin d'affronter l'ennemi en pleine mer, l'amiral Brueys ne l'écoute pas. Le 1er août 1798, les navires français se retrouvent donc dans une position désespérée face aux canons de l'amiral britannique. Autant dire que Dupetit-Thouars se bat comme un lion. Il demande à son équipage de clouer son pavillon sur le mât pour bien montrer qu'il combattra jusqu'à la mort. Le Tonnant affronte trois vaisseaux anglais à coups de canon. Il commence par mettre hors de combat le HSM Majestic. Pour autant, la flotte anglaise prend le dessus. Bientôt, le Tonnant se retrouve seul pour affronter une meute de navires ennemis. Une grêle de boulets laboure son pont. Le combat dure toute la nuit. 

Les uns après les autres, les vaisseaux français sont dévastés. Le Tonnant est l'un des derniers à résister, cerné par l'Alexander, le Swiftsure, le Theseus et le Leander. Un boulet emporte un bras de Dupetit-Thouars, qui roule au bas de son banc de quart. Refusant de quitter son poste, il se relève, se fait poser un garrot et reprend le commandement. Comme on le disait à son époque : "La douleur ne peut rien sur son âme de fer." Une nouvelle volée ennemie balaie le pont. Cette fois, Dupetit-Thouars y laisse les deux jambes. Croyez-vous que cela le décourage ? C'est mal le connaître. Le coureur sud-africain Oscar Pistorius lui envoie un tweet d'encouragement. Le vaillant capitaine français fait placer un baril de son sur la dunette, dans lequel il se fait déposer par ses hommes. Luttant contre la douleur, il donne encore quelques ordres. Mais sa vie s'en va avec son sang. Avant d'expirer, il lance d'une voix forte : "Équipage du Tonnant, n'amène jamais ton pavillon !" Selon son dernier désir, son corps est balancé à l'eau. Les requins qui tournent autour du navire se plaignent de la portion congrue.
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Bien qu'ayant perdu son mât et son gouvernail, le Tonnant parvient à s'éclipser dans la nuit sans se rendre à l'ennemi. L'honneur est sauf. Mais le vaisseau ne va pas bien loin. Il s'échoue sur une plage égyptienne, où les Anglais le retrouvent quelques jours plus tard, abandonné. Le destin du Tonnant ne s'arrête pourtant pas là. Il est renfloué par les Britanniques, qui l'incorporent dans leur flotte sous le nom de HMS Tonnant. Il combat sous les ordres de Nelson à Trafalgar, puis sert de navire amiral durant la guerre anglo-américaine de 1812-1815. C'est à son bord que, le 14 septembre 1814, l'Américain Francis Scott Key, venu négocier avec les Anglais, aurait écrit les paroles de l'hymne national américain, The Star-Spangled Banner, en hommage à l'acharnement des soldats américains à défendre leur bannière étoilée lors du bombardement de Baltimore. Enfin, dernière aventure du Tonnant : en 1815, il fait partie du convoi britannique amenant Napoléon à Sainte-Hélène.

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